Die Stadt Cernavodă liegt in der Hochebene Süd-Dobrudscha, bei dem Zusammenfluß der Donau mit dem Kanal Donau – Schwarzes Meer, beziehungsweise mit den Tälern Carasu, Țibrin und Siliștea. Das bestimmende Element der Stadt und seiner Verwaltungsumgebung ist der Kanal Donau – Schwarzes Meer als städtische Strukturierungsobjekt der Ortschaft, die er in zwei getrennte Zonen teilt.